Το 395 μ.Χ., ο Αλάριχος, βασιλιάς των Βησιγότθων, λεηλατεί την Ηλεία. Δύο χρόνια μετά, το 397 μ.Χ., ο Στιλίχων τους κατατροπώνει στο οροπέδιο της Φολόης. Όμως η Ηλεία έχει ήδη υποστεί τεράστιες ζημίες, έχει εξαθλιωθεί ο πληθυσμός της, γεγονός που αναγκάζει ήδη τον Θεοδόσιο τον Β΄ να την απαλλάξει από την καταβολή του μεγαλύτερου μέρους των φόρων προς το κράτος.

Με νέο διάταγμα το Νοέμβριο του 426 μ.Χ. ο αυτοκράτορας επιβάλλει το οριστικό κλείσιμο όσων αρχαίων ναών ήταν ακόμη σε λειτουργία.

Νέες λεηλασίες ταλανίζουν την Ηλεία, όταν οι Βάνδαλοι φτάνουν στις ακτές της, το 467 μ.Χ.

Τα τελειωτικά χτυπήματα υφίσταται η περιοχή το 522 και το 551 μ.Χ., όταν καταστροφικοί σεισμοί τη συγκλονίζουν, καταστρέφοντας όσα οικοδομήματα είχαν απομείνει από τις απανωτές λεηλασίες. Τότε καταρρέει και ο Ναός του Δία στην Ολυμπία.

Στα χρόνια του αυτοκράτορα Ηρακλείου (610-641 μ.X.), η Πελοπόννησος αποτελεί ξεχωριστό «θέμα», με πρωτεύουσα την Κόρινθο και ?διοικητή τον «Δούκα».

Κατά την περίοδο αυτή μετακινείται σλαβικός πληθυσμός, ο οποίος εγκαθίσταται μόνιμα στην περιοχή, πληρώνει φόρο στο βυζαντινό κράτος, εκχριστιανίζεται και τελικά αφομοιώνεται από τους ντόπιους.

Στα βυζαντινά χρόνια, η Ηλεία δεν έχει να επιδείξει ιδιαίτερη ανάπτυξη, επειδή το κέντρο και η δραστηριότητα του ελληνικού έθνους μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη.

Από τον 8^ο αι. αυξάνεται η μεταξουργία στην περιοχή.

Το 1204 μ.Χ. Γάλλοι και Βενετοί τυχοδιώκτες, φέροντας τον τίτλο του Σταυροφόρου, προς ελευθέρωση δήθεν των Αγίων Τόπων από τους Τούρκους, με την τέταρτη σταυροφορία κυριεύουν την Κωνσταντινούπολη και το μεγαλύτερο μέρος της χώρας.

Ο Γάλλος Γοδεφρείδος Βιλεαρδουϊνος Α΄ , ο οποίος αποβιβάσθηκε στη Μεθώνη, αρχικά με την βοήθεια του Έλληνα Ιωάννη Καντακουζηνού κι αργότερα με τον ακόλουθο του Βονιφατίου Γουλιέλμο Σαμπλίτη, κατακτούν την Πελοπόννησο , χωρίς ουσιαστική αντίσταση.

Οι Φράγκοι καταργούν τους ορθόδοξους επισκόπους και ιδρύουν εκκλησιαστικές περιφέρειες, στις οποίες τοποθετούν καθολικούς επισκόπους. Τα εκκλησιαστικά κτήματα δημεύονται και δίδονται σε Λατίνους κληρικούς ή ιεραποστολικά τάγματα ως φέουδα. Η Ανδραβίδα γίνεται πρωτεύουσα του νέου πριγκιπάτου του Μορέως.

Με το θάνατο του Γοδεφρείδου Βιλεαρδουίνου Α΄, τον διαδέχεται ο γιός του Γοδεφρείδος Βιλεαρδουϊνος Β΄, ο οποίος κτίζει το κάστρο Χλεμούτσι. Σ΄αυτό ιδρύθηκε και νομισματοκοπείο, το οποίο έκοβε τα φραγκικά τορνέζια (tournois). Το κάστρο γίνεται η έδρα του πρίγκιπα.

Το 1245 το Γοδεφρείδο Β΄ διαδέχεται ο αδελφός του Γουλιέλμος Β΄. Και οι τρεις κυβέρνησαν την περιοχή με σύνεση , γι΄αυτό και ήταν αγαπητοί στον πληθυσμό.

Τα χρόνια που ακολούθησαν ήταν πολυτάραχα. Ο Μιχαήλ Καντακουζηνός και ο αδελφός του βυζαντινού αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Παλαιολόγου το 1263 πολιορκούν την Ανδραβίδα, αλλά τρέπονται σε φυγή. Το 1264 ο Κωνσταντίνος Παλαιολόγος επιστρέφει σε νέα επίθεση, κατά την οποία φονεύεται ο Μιχαήλ Καντακουζηνός. Την περίοδο αυτή ομολογείται βδελυρή συμμαχία ανάμεσα στους Φράγκους και τους μετέπειτα κατακτητές, τους Τούρκους μισθοφόρους του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου και οι Έλληνες κατατροπώθηκαν.

Το 1315 ο Ισπανός Φερδινάνδος ο Αραγωνικός αποβιβάζεται στη Γλαρέντζα και μπαίνοντας στην πόλη τον προσκυνούν οι φοβισμένοι πολίτες. Κυριεύει το Ποντικόκαστρο (Beauvoir), την πεδιάδα της Ήλιδας και κόβει νόμισμα με το όνομά του.

Το 1316 ο Φερδινάνδος συγκρούεται κοντά στη Μανωλάδα με το Λουδοβίκο το Βουργουνδικό, ο οποίος είχε έλθει σε συνεννόηση με τους Έλληνες του Μυστρά, που τον βοήθησαν. Ο Λουδοβίκος εγκαθίσταται στο πριγκιπάτο.

Η Γλαρέντζα γίνεται το κομβικό σημείο εμπορίου με τη Δύση, όπως και το λιμάνι της Φειάς.